Oppilaille järjestetään iltapäivätoimintaa oppituntien jälkeen koulun tiloissa koulupäivinä klo 16.00 asti. Alaluokilla iltapäivähoito tapahtuu omassa tutussa ryhmässä, yläluokilla yhdistellään eri luokkien oppilaista toimivia ryhmiä. Jokaisessa ryhmässä on vastaava koulunkäynninohjaaja ja koulunkäynninohjaajia ryhmän tarpeen mukaisesti. Iltapäivätoiminnan käytössä on koulun kaikki tilat sekä piha. Ryhmillä on mahdollisuus käyttää opetuskeittiötä, uima- allasta sekä liikuntasalia. Lisäksi päivisin askarrellaan, kuunnellaan tarinoita, ulkoillaan ja leikitään. Iltapäivätoiminnan aikana tarjotaan välipala ja oppilaalla on tarvittaessa mahdollisuus lepohetkeen. Koulun loma- aikoina, kuten syys-, joulu- ja talvilomalla sekä kesällä juhannukseen saakka, järjestetään kokopäivätoimintaa klo 8.00-16.00. Tällöin tehdään retkiä ja hyödynnetään lähialueiden palveluja, kuten kirjastoa, taidenäyttelyitä ja museoita. Päivärytmi on selkeä, mutta vapaamuotoisempi kuin koulupäivinä.
Iltapäivätoiminta perustuu ostopalvelusopimukseen Helsingin kaupungin Kasvatuksen ja koulutuksen toimialan kanssa. Perheet hakevat lapselleen iltapäivätoiminnan paikkaa Helsingin kaupungin Kasvatuksen ja koulutuksen toimialalta, ja toiminnan toteuttaa Marjatta-koulun oma henkilökunta koulun omissa tiloissa. Loma-aikojen kokopäivätoimintaan haetaan paikkaa Helsingin kaupungin sosiaali- ja terveyspalveluiden vammaispalvelusta. Myös loma-aikojen hoito toteutetaan Marjatta-koulun omissa tiloissa ja oman henkilökunnan toimesta.
Muissa kunnissa asuvien on sovittava iltapäivä- ja loma-aikojen toiminnasta Marjatta-koulun ja oman kuntansa sosiaaliviranomaisten kanssa.
Kouluvuoden aikana luokat järjestävät erilaisia retkiä, leirejä ja teemallisia leirikouluja. Päiväretket suuntautuvat yleensä lähiympäristöön, mutta leirikouluun voidaan lähteä kauemmaksikin. Rahaa retki ja leirikoulutoimintaa varten luokat saavat muun muassa koulun myyjäisten tuotoista. Opetussuunnitelmaan kuuluvat yö- ja leirikoulut ovat oppilaille mieluisia ja niitä odotetaan kovasti. Yhdessä oppilaiden kanssa tehdään etukäteen valmisteluja, esimerkiksi kotitaloustunneilla voidaan leipoa tai valmistaa ruokaa leirikoulua varten. Kahdeksas luokka tekee päätösmatkan, joka on usein suuntautunut ulkomaille. Tärkeintä leirikoulussa ovat kuitenkin yhdessä vietetyt hetket, joista jää mukavia muistoja.
Kouluvuoden aikana järjestetään joulu– ja kevätmyyjäiset. Myyjäisten tuotto menee aina suoraan oppilaiden ja luokkien hyväksi.
Myyjäiset ja niihin valmistautuminen antavat mahdollisuuden tutustua muihin vanhempiin ja koulun henkilökuntaan. Koulu toivoo huoltajien osallistuvan myyjäistoimintaan mahdollisuuksiensa mukaan.